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L'ordonnance sera en vigueur jusqu'à samedi et affecte les 115 établissements McDonald's du Vénézuéla.
Les autorités auraient découvert des «discordances» dans les livres de la compagnie aux chapitres des ventes et des taxes collectées.
L'administration du président Hugo Chavez - un ardent critique de Washington - sévit régulièrement contre les compagnies américaines pour des questions de fiscalité.
L'an dernier, le gouvernement avait fait fermer la filiale vénézuélienne de Coca-Cola pendant 48 heures, également pour de présumées irrégularités.